目前市场上，PC式DVR一般基于Windows系统，文件系同一般采用NTFS或FAT32；而嵌入式 DVR所采用的文件系统则与厂商选择的嵌入式操纵系统有紧密亲密的关系。目前嵌入式 DVR中所采用的嵌入式操纵系统有pSOS、Embedded Linux、vxWorks等等，而采用的文件系统则有较多种类，如MS-DOS兼容文件系统、UNIX兼容文件系统、Windows兼容文件系统，还有各种专有的文件系统等等。选定哪一种文件系统作为嵌入式硬盘录像机中的文件系统，取决于许多因素，如公司的研发能力、财力、文件系统本身的特性等。应该说，选择任何一种文件系统都不会妨碍嵌入式硬盘录像机中录像功能的实现。有的公司甚至自己组织开发文件系统来满足需求，当然我们并不赞同这样做，原因在于这样做可能会花费较长的时间，从而使设备上市的时间延长；另外，这种做法不符合现代社会分工越来越细、越来越专业的潮流，很难做到像专业软件厂商推出的文件系统那样可靠。
文件系统选定后，可供研发人员施展的平台就确定了。各个嵌入式硬盘录像机厂商在选定平台上应用系统中的录像模块设计的公道与否，直接决定了嵌入式硬盘录像机推向市场后的表现。例如，有的厂商用删除老文件的方式来达到轮回录像的目的。为了使文件删除的时间尽可能短，就采用了每分钟产生一个码流文件的方式录像；还有的厂商则采用每小时产生一个文件的方式来录像。这些方式的共同弱点是不能保证嵌入式硬盘录像机的长时间运行。由于压缩芯片输出的码流位率变化是比较大的，这就导致每分钟、每小时产生的文件的大小都不一样，而且性能相差很大，长时间运行后就会导致硬盘上布满碎片，从而使系统运行效率急剧下降。这就是目前市场上有些品牌的嵌入式硬盘录像机初期安装时表现良好，但是过一段时间后就轻易发生丢资料、坏硬盘的现象的原因。为解决这一问题，有公司提出了磁盘预分配技术，保证在硬盘轮回记实过程中，永不泛起碎片。
文件系统对磁盘的管理，有一套链表构成的文件检索机制，包括FAT表和目录区，假如关机的时候，正在写修改的FAT表或目录区，这个FAT表扇区或目录扇区被破坏，就会导致一组磁盘文件丢失。在硬盘录像机的使用过程中，几乎在不停地写硬盘，假如非正常关机，引起FAT表扇区或目录扇区被破坏的概率非常高，这也是为什么非正常关机次数多了，不管PC式硬盘录像机还是嵌入式硬盘录像机，常常找不到记实文件的原因。为解决这个问题，提高DVR厂商提出了FAT表和目录区冻结技术，保证在非正常关机过程中，不会导致FAT表和目录区被破坏。
现在的小尺寸硬盘，也叫温盘（是IBM的专题小组在温切斯特大楼发明的，叫温切斯特硬盘，简称温盘，现在都叫硬盘，非温切斯绝技术的硬盘几乎没有），是机械结构，有两个电机，一个是主轴电机，一个是磁头寻道电机（目前几乎都采用音圈电机）。在一台硬盘录像机中，一般会有多个硬盘，在录像时，多路图像同时尽量记其实一个硬盘上，让其它硬盘主轴电机休止旋转，一方面延长硬盘寿命，同时也降低硬盘录像机的功耗（硬盘在休眠状态下的功耗约为正常工作下的1/10），这称为硬盘休眠技术。在硬盘休眠技术的基础上，提出了低寻道技术，可以进一步提高硬盘录像机性能和延长硬盘的寿命，针对硬盘盘片磁粉逐步损坏脱落及相关问题，提出了硬盘失效预警技术。
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